Nach dem Erwerb eines Kirchenbaugrundes im Jahr 1904 wurde im Mai 1908 mit der Errichtung einer Kirche und eines Pfarrhauses begonnen. Bereits am 13. September 1908 wurde die „Kaiser-Jubiläums-Kirche“ feierlich eingeweiht.
1920 wurde Heidenreichstein durch die Trennung von Znaim zum eigenen Vikariat; 1925 erfolgten die Gründung der Heidenreichsteiner Pfarrgemeinde und die Installierung des ersten Pfarrers Viktor Lohmann.
Seit 1936 ist Heidenreichstein aufgrund der Verlegung des Pfarramtssitzes nach Gmünd nur mehr eine Predigtstation.
Nach einer im Jahr 1968 durchgeführten Innen- und Außenrenovierung erfolgte die Umbenennung der Kirche in „Versöhnungskirche“.
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